Vepra e dyte e njohur e Bardhit është "Apologjia e Skënderbeut", botuar latinisht në Venedik më 1636. Titulli i saj i plotë është: "Gjergj Kastrioti epirotas, i quajtur zakonisht Skënderbe, princ trim mbi trima dhe i pathyeshem i shqiptareve, u kthehet bashkëatdhetarëve dhe atdheut të tij prej Frang Bardhit". Vepra në të vërtetë është një apologji (mbrojtje) që i bën autori Skënderbeut, si bir dhe hero i popullit shqiptar, prandaj edhe është quajtur Apologjia e Skënderbeut. Këtë vepër autori e ka shkruar për 15 ditë, në kulmin e zemërimit, në rrugë e sipër, kur po kthehej në Shqipëri për të hedhur poshtë mendimet e pathemelta të një peshkopi boshnjak, që i mohonte Skënderbeut prejardhjen shqiptare. Më 1631 boshnjaku Tomko Marnavici kishte botuar një libërth ku pretendonte se Skënderbeu nuk ishte me origjinë shqiptare, por boshnjake, madje nga familja e Marnaviçëve. kjo rrethanë i jep veprës një frymë të mprehtë polemike dhe një stil energjik. Këtë falsifikim Bardhi e quan të "kobshëm„ dhe ai iu vu punës për këtë vepër, se, po të heshtte, i dukej sikur do të tradhëtonte veten dhe atdheun. Pra , është ndjenja atdhetare ajo që e bren përbrenda autorin. Por fuqia e mendjes dhe e punës së tij bëhet më e madhe kur kjo ndjenjë përkon me drejtësinë e çështjes që mbron. Bardhi do t'i japë popullit të vet atë që i përket, duke pasur parasysh më tepër të vërtetën se sa atdheun, ashtu sic nuk do t'i lejonte vetes të rrëmbente një populli tjetër atë çka i përket atij. Dashuria e tij për atdheun fisnikërohet aq sa është e lartë edhe madhështore ideja dhe ndjenja e së vërtetës "Unë e mora përsipër këtë barrë, - thotë Bardhi, - jo për ndonjë arsye tjetër, veç që të qes para syve të tu (lexues) të vërtetën lakuriqe, të panjollosur, sepse kjo s'ka nevojë të lyhet e të stoliset me fjalë të bukura edhe të rrema".
Dashuria për atdheun, për të vërtetën, për popullin, për historinë dhe heroin e tij, për gjuhën dhe traditat e larta janë idetë themelore që përshkojnë fund e krye veprën. Mendjemprehtësia, kultura, horizonti i gjerë dhe aftësia për t'i përdorur me mjeshtëri argumentet janë karakteristika dalluese të veprës dhe të vetë autorit. Për të mbrojtur shqiptarësinë e Skënderbeut autori niset nga argumente të sigurta dhe të shumta historike, pa nënçmuar gojëdhënat. Ai zotëron plotësisht metodën e shkencës historike të kohës dhe vlerëson e krahason në mënyrë kritike burimet historike. Përveç kaq e kaq historianëve në zë që sjell si argumente në mbrojte të tezës së vet të drejtë, Bardhi si një njohës dhe mbledhës i i traditës gojore popullore, për të vërtetuar shqiptarësinë e Skënderbeut, shfrytëzon me mjeshtëri të rrallë gojëdhënat dhe faktin që emri i Skënderbeut dhe kujtimi i tij rrojnë të gjalla në ndërgjegjen e popullit.
"Vazhdimisht gjer në ditët e sotme, - shkruan autori, - bashkëkohësit tanë flasin për të dhe këndojnë me zë të lartë trimërinë e tij nëpër gostitë… dhe e quajnë Skënderbeun tonë me emrin "Kuçedra e Arbrit", d.m.th. dragoi i Epirit. Dhe sa herë që shqiptohen këto fjalë, kuptohet vetëm Skënderbeu".
Ndjenja patriotike, dashuria për popullin dhe vendin e vet, krenaria për të kaluarën e tij të lavdishme dhe admirimi për heroin që çuditi botën me trimërinë e tij përshkojnë gjithë veprën. Këto përcaktojnë edhe disa cilësi të stilit të autori , si: patosin e ngritur, frazën e gjatë dhe të ngjeshur, gjuhën e mprehte plot thumba, për të hedhur poshtë fallsifikimet e kundërshtarit etj. Këto tipare e bëjnë veprën jo thjesht një polemikë historike, por një libër me vlera letrare. Njeri me kulturë të gjerë dhe mendje të mprehtë, Frang Bardhi, duke vazhduar traditën e Barletit në historiografinë shqiptare dhe duke hapur rrugë në fushën e leksikograisë e të gjurmimeve etnografike, me veprën e tij u bë një figurë e shquar e kulturës shqiptare të shekullit XVII.